L’émergence du naturalisme méthodologique : histoire, idées et conséquences¹

Dans le paysage scientifique contemporain, il semble aller de soi que la science n’a plus rien à voir avec Dieu.² Dans les manuels scolaires, dans les médias, dans l’université, l’idée même d’invoquer un Créateur pour expliquer quoi que ce soit est considérée comme une erreur de catégorie.³ On acceptera de parler de Dieu en théologie, en littérature, parfois en philosophie, mais certainement pas en biologie, en physique ou en cosmologie.² Cette mise à l’écart ne résulte pourtant pas d’une expérience décisive, ni d’une démonstration expérimentale réfutant une hypothèse « Dieu Créateur ».⁴ Elle est la conséquence d’une option de méthode, devenue au fil des siècles une évidence culturelle : ce que l’on appelle le naturalisme méthodologique.⁵

Cette notion désigne simplement le fait que, dans la pratique scientifique, on ne retiendra que des causes naturelles, matérielles, mesurables, excluant par principe toute référence au surnaturel.⁵ Or, paradoxe frappant, la science moderne ne naît pas dans un contexte athée, mais dans un cadre intensément théiste.⁶ Les grands fondateurs de la science expérimentale ne voyaient aucune opposition fondamentale entre la recherche des lois naturelles et la foi en un Dieu Créateur.⁶ Comment en est-on alors arrivé, en quelques siècles, à un consensus implicite selon lequel le théisme serait étranger, voire nuisible, au travail scientifique ?⁷ Pour comprendre ce chemin, il faut quitter un instant les laboratoires et entrer dans l’histoire des idées, là où se sont joués de profonds basculements.⁸ Une grande partie de cette histoire passe par l’Europe occidentale, et plus particulièrement par la France, dont l’influence intellectuelle a été décisive.⁹

Ce qui suit n’est ni une condamnation hâtive de la science moderne, ni une nostalgie naïve d’un âge d’or chrétien. Il s’agit plutôt de retracer le fil qui relie la naissance théiste de la science à son état contemporain, largement naturaliste, en montrant que ce fil n’est pas neutre.⁸ Il est tissé de choix philosophiques, de luttes politiques, de révolutions, de projets de société, et non uniquement de données expérimentales.⁸

La naissance théiste de la science moderne et l’attaque philosophique contre la conception théiste

Si l’on remonte aux XVIᵉ et XVIIᵉ siècles, on découvre un paysage intellectuel très différent de celui d’aujourd’hui. Les hommes qui ont posé les fondations de la science moderne ne se voyaient pas comme les artisans d’une alternative à la foi, mais comme des croyants cherchant à comprendre la création de Dieu avec les outils de la raison et de l’observation.⁶

Dans le monde anglophone, particulièrement en Grande-Bretagne, la naissance de la science moderne s’enracine directement dans une vision théiste du monde.⁶ Les figures majeures de la révolution scientifique, Newton, Boyle, Kepler, Ray, Linnaeus, expliquent la rationalité et l’ordre de la nature en invoquant l’intelligence d’un Créateur.¹⁰ Pour ces pionniers, Dieu est non seulement l’architecte de la nature, mais aussi la garantie explicative de son intelligibilité.⁶ Le cadre culturel est tel que l’étude de la nature est comprise comme une manière de lire un « deuxième livre » écrit par Dieu : le livre de la nature, parallèle au livre de l’Écriture.¹¹

Bien avant Newton, des penseurs comme Grosseteste, Roger Bacon et William d’Ockham avaient préparé la voie en introduisant le doute méthodologique, l’expérimentation et le raisonnement inductif.¹² L’idée réformatrice selon laquelle l’esprit humain est à la fois capable et faillible produit un équilibre intellectuel : une confiance suffisante pour entreprendre la recherche scientifique, mais une humilité suffisante pour vérifier constamment les hypothèses par l’expérience.¹¹ La métaphysique judéo-chrétienne devient l’armature invisible qui légitime la naissance de ce que Stephen C. Meyer appelle « la science théiste », une science dont les règles opératoires supposent l’existence d’un Créateur rationnel.¹³

Johannes Kepler, par exemple, contemple l’harmonie des orbites planétaires comme l’expression d’un ordre divin. Il décrit son travail comme une tentative de « penser les pensées de Dieu après Lui ».¹⁴ La géométrie céleste n’est pas pour lui un mécanisme froid, mais la trace d’une sagesse.¹⁴

Isaac Newton, figure emblématique s’il en est, illustre aussi cette intégration. On oublie souvent qu’il a écrit davantage de pages sur la Bible et la théologie que sur la gravitation.¹⁵ Son univers n’est pas un système clos, livré à lui-même ; c’est un cosmos où les lois physiques sont des décisions souveraines de Dieu.¹⁶ Newton voit même la stabilité du système solaire comme demandant, à certains moments, une sorte de « réajustement » divin, la manifestation de l’activité d’un « être incorporel, vivant, intelligent, omniprésent », et affirme qu’aucune cause matérielle ne peut produire une attraction à distance.¹⁶ Il ne sépare pas la rationalité de la nature de la rationalité du Créateur, il les lie.¹⁶

Robert Boyle, souvent présenté comme le père de la chimie moderne, va dans le même sens.¹⁷ Il pratique une science rigoureuse, expérimente, quantifie, formule des lois, tout en défendant une « théologie naturelle » dans laquelle l’étude des phénomènes physiques nourrit l’adoration.¹⁷ Pour Boyle, parler de « lois de la nature » a un sens précisément parce qu’il y a un Législateur.¹⁷ Les réactions chimiques ne sont pas de simples jeux aveugles de particules, mais l’expression d’un ordre que l’intelligence humaine peut découvrir.¹⁷ Boyle construit la chimie moderne en s’appuyant sur deux présupposés théistes : la contingence de la nature (elle aurait pu être autre qu’elle n’est), et son intelligibilité (elle peut être décodée par l’esprit humain parce qu’elle fut pensée par un esprit divin).¹⁷

Dans l’espace francophone, Blaise Pascal, esprit prodigieusement vaste, contribue à la physique des fluides, à la géométrie projective et à l’invention de la machine à calculer.¹⁸ Pourtant, dans ses Pensées, il insiste sur le fait que le Dieu qu’il adore n’est pas seulement le Dieu des philosophes, abstrait et lointain, mais le Dieu d’Abraham, d’Isaac et de Jacob.¹⁸ Chez lui, l’intuition scientifique d’un univers ordonné cohabite avec une vision profondément biblique de la condition humaine.¹⁸

Il en va de même dans les territoires italiens, chez Galilée, qui conçoit la nature comme un « livre » écrit en langage mathématique par le Créateur.¹⁹ Lorsqu’il défend l’astronomie copernicienne, il ne s’attaque pas à l’idée de Dieu ; il conteste certaines interprétations ecclésiastiques des textes bibliques.¹⁹ Le conflit ne porte pas alors sur la question de savoir si Dieu existe, mais sur la manière de lire sa création et sa révélation.¹⁹

À côté de ces grands expérimentateurs, des rationalistes comme René Descartes et Gottfried Wilhelm Leibniz élaborent des systèmes philosophiques qui restent eux aussi profondément théistes.²⁰ Descartes, tout en faisant de la raison le point de départ de sa méthode, ancre la certitude de la connaissance dans l’existence d’un Dieu véridique.²¹ Sans cette garantie divine, le sujet pensant pourrait être victime d’un « génie trompeur » et n’avoir aucune assurance quant à la fiabilité de ses perceptions.²¹ Leibniz, quant à lui, conçoit l’univers comme le « meilleur des mondes possibles » choisi par un Dieu sage, où les lois naturelles expriment une harmonie préétablie.²² Les équations ne sont pas là par hasard : elles reflètent un ordre voulu.²²

On pourrait multiplier les exemples. Gregor Mendel, père de la génétique, est un moine qui mène ses expériences sur les pois dans le jardin de son monastère.²³ James Clerk Maxwell, qui unifie électricité, magnétisme et lumière en un système d’équations d’une élégance spectaculaire, est animé par une foi chrétienne profonde et prie avant ses expériences.²⁴ Loin d’être un frein, la conviction que le monde est l’œuvre d’un Créateur rationnel sert de moteur à l’enquête scientifique.⁶ La question dominante n’est pas : « comment faire de la science sans Dieu ? », mais plutôt : « comment comprendre ce que Dieu a fait ? ».⁶

Ainsi, au moment où la science moderne se met en place, elle est intimement liée à un cadre théiste.⁶ La possibilité même d’un univers régulier, intelligible, gouverné par des lois, s’enracine dans une conception du monde héritée du judaïsme et du christianisme : un Dieu unique, rationnel, distinct de la création, qui établit un ordre que l’homme, créé à son image, peut décoder.¹¹ Le naturalisme méthodologique, tel qu’on le connaît aujourd’hui, n’est pas présent à ce stade.⁵ Il surgira plus tard, au terme d’un mouvement culturel qui va progressivement émanciper la raison de toute référence au divin.⁸

À partir du XVIIIᵉ siècle, le paysage intellectuel anglophone change. David Hume attaque frontalement le design argument en affirmant que l’ordre observé dans la nature ne prouve pas un dessein divin, et que les analogies avec l’artisan (Horloger → Dieu) sont invalides.²⁵ Sa critique vise la base même de l’interférence théiste en sciences.²⁵ Hume rejette aussi les miracles en affirmant que « l’expérience uniforme » plaide contre eux.²⁶ Kant, lui, déstabilise le raisonnement cosmologique : selon lui, la question de savoir si l’univers a commencé ou non dépasse les capacités de la raison humaine.²⁷ Ces deux philosophes frappent le socle rationnel qui soutenait la théologie naturelle anglaise, et leurs critiques ouvrent la voie à une marginalisation progressive du théisme dans l’explication scientifique.²⁵

Un autre jalon intellectuel majeur, souvent sous-estimé dans l’histoire du naturalisme moderne, est l’influence de Baruch Spinoza. ⁶³ Philosophe du XVIIᵉ siècle, contemporain de Descartes, Spinoza propose une redéfinition radicale de Dieu et de la nature qui aura des conséquences profondes sur l’évolution ultérieure de la pensée occidentale. ⁶⁴ Son système ne nie pas explicitement l’existence de Dieu, mais il en transforme la signification d’une manière qui dissout progressivement toute transcendance. ⁶⁵

Chez Spinoza, Dieu n’est plus un être personnel, créateur du monde et distinct de celui-ci. Il identifie Dieu à la Nature elle-même, selon la formule célèbre Deus sive Natura (« Dieu, c’est-à-dire la Nature »). ⁶⁶ Il n’existe qu’une seule substance infinie, éternelle, nécessaire, dont tout ce qui existe n’est qu’une expression ou un mode. ⁶⁷ Le monde n’est donc pas créé par Dieu : il est Dieu, ou plus exactement une manifestation nécessaire de la substance divine. Toute distinction entre Créateur et création disparaît. ⁶⁸

Cette conception entraîne une transformation décisive du statut de Dieu dans l’explication du réel. Si Dieu est identique à la nature, alors invoquer Dieu revient simplement à décrire les lois nécessaires de l’univers. Dieu n’agit pas par choix, intention ou providence ; il ne décide pas, ne crée pas librement, ne gouverne pas l’histoire. ⁶⁹ Tout ce qui existe découle de la nécessité interne de la substance unique. Le monde n’est pas contingent : il ne pourrait pas être autrement qu’il n’est. ⁷⁰ La liberté divine, au sens biblique ou classique, est remplacée par une nécessité impersonnelle. ⁷¹

Dans ce cadre, la causalité devient entièrement immanente. Il n’y a plus de causes transcendantes, plus de finalité orientée vers un dessein. Les causes sont internes au système du monde, et les phénomènes s’enchaînent selon un déterminisme strict. ⁷² Ce déplacement est crucial : même si Spinoza continue à employer le mot « Dieu », le contenu théologique de ce terme est profondément altéré. Dieu cesse d’être une hypothèse explicative distincte du monde ; il devient un autre nom pour l’ordre naturel lui-même. ⁷³

Cette redéfinition aura une influence durable. Elle permet, pour la première fois dans la philosophie moderne, de penser un univers entièrement auto-suffisant tout en conservant un vocabulaire religieux. ⁷⁴ Mais très rapidement, ce vocabulaire devient superflu. Si Dieu se confond avec la nature, alors il devient possible, sans perte explicative apparente, de conserver la nature et d’abandonner Dieu. ⁷⁵ Le panthéisme spinoziste agit ainsi comme une zone de transition intellectuelle entre le théisme classique et le naturalisme matérialiste. ⁷⁶

Au XVIIIᵉ et au XIXᵉ siècle, de nombreux penseurs retiendront surtout l’idée centrale de Spinoza : l’autonomie complète du réel. Le monde n’a pas besoin d’un agent transcendant pour exister, se maintenir ou être compris. ⁷⁷ Cette intuition nourrira aussi bien certaines formes de déisme radical que le matérialisme philosophique ultérieur. ⁷⁸ Lorsque la nature est conçue comme un système fermé, régi par des lois nécessaires, la référence à un Dieu personnel, libre et créateur apparaît de plus en plus comme redondante. ⁷⁹

Ainsi, même si Spinoza n’est pas à proprement parler un matérialiste au sens strict, son système contribue puissamment à préparer le terrain intellectuel du naturalisme moderne. ⁸⁰ En identifiant Dieu à la nature, il vide progressivement le concept de Dieu de toute portée explicative spécifique et ouvre la voie à une vision du monde où l’univers devient sa propre cause, sa propre explication et son propre fondement. ⁸¹ Ce glissement conceptuel jouera un rôle décisif dans l’émergence ultérieure d’une science qui se pense comme autosuffisante et méthodologiquement fermée à toute transcendance. ⁸²

Un autre tournant décisif dans l’histoire intellectuelle qui conduit à la marginalisation du théisme dans la science et la philosophie modernes est l’influence de la Critique de la raison pure d’Immanuel Kant. ⁸³ Publié en 1781, cet ouvrage ne se présente pas comme une attaque directe contre la foi chrétienne, mais comme une enquête sur les limites de la raison humaine. Pourtant, ses conséquences sur la théologie naturelle et sur les arguments cosmologiques traditionnels seront considérables.

Kant y soutient que la raison humaine est structurellement limitée au domaine de l’expérience possible. Selon lui, notre connaissance ne porte jamais sur les choses « en soi », mais uniquement sur les phénomènes tels qu’ils apparaissent à travers les formes a priori de notre sensibilité (l’espace et le temps) et les catégories de l’entendement. ⁸⁴ Toute tentative de dépasser ce cadre pour atteindre des réalités métaphysiques, comme Dieu, l’âme ou l’origine ultime du monde, excède légitimement les capacités de la raison théorique.

C’est dans ce contexte que Kant formule sa célèbre critique des arguments cosmologiques, en particulier ceux hérités de la tradition aristotélico-thomiste. ⁸⁵ L’argument de Thomas d’Aquin, qui part du mouvement, de la causalité ou de la contingence pour remonter à une cause première non causée, est jugé invalide non pas parce que ses prémisses seraient empiriquement fausses, mais parce qu’il franchit illégitimement le seuil entre le monde de l’expérience et celui de la réalité nouménale. ⁸⁶ Pour Kant, même si l’on admet que tout ce qui commence à exister a une cause, rien ne permet de conclure rationnellement à l’existence d’un être nécessaire transcendant l’ordre phénoménal.

La critique kantienne s’étend également à la question du commencement du monde. Dans les antinomies de la raison pure, Kant montre que la raison peut démontrer aussi bien que le monde a un commencement dans le temps que l’affirmation inverse, selon laquelle il est éternel. ⁸⁷ Ces contradictions révèlent, selon lui, que la question elle-même dépasse le champ légitime de la connaissance rationnelle. Le problème n’est pas de savoir si l’univers a réellement commencé ou non, mais de reconnaître que la raison humaine n’est pas outillée pour trancher cette question de manière démonstrative.

Cette analyse aura un impact durable sur la réception ultérieure des arguments cosmologiques, y compris sur ce que l’on appellera plus tard l’argument kalam. ⁸⁸ Même lorsque celui-ci est reformulé dans un cadre plus proche de la cosmologie moderne, l’héritage kantien demeure : toute inférence allant d’un commencement temporel de l’univers à une cause transcendant l’espace-temps est soupçonnée d’outrepasser les limites de la raison scientifique ou philosophique légitime. ⁸⁹ Ainsi, bien avant que la cosmologie contemporaine ne se développe, un verrou conceptuel est déjà en place.

Il est important de noter que Kant ne nie pas l’existence de Dieu. Il la relègue toutefois hors du domaine du savoir rationnel, pour la placer dans celui de la foi pratique ou de la morale. ⁹⁰ Dieu devient un postulat éthique, nécessaire pour penser le sens moral, mais non une conclusion accessible par l’analyse rationnelle du monde naturel. Ce déplacement est décisif : Dieu cesse d’être une explication du réel pour devenir une exigence subjective de la raison pratique.

Cette reconfiguration du statut de Dieu aura des conséquences profondes. En disqualifiant les arguments cosmologiques comme moyens légitimes de connaissance, Kant contribue à installer l’idée selon laquelle les grandes questions d’origine, y compris celle du commencement de l’univers, ne relèvent plus de la métaphysique rationnelle, mais soit de la science empirique seule, soit d’une foi strictement privée. ⁹¹ Ce cadre conceptuel préparera le terrain à une séparation toujours plus nette entre science et théisme.

Ainsi, même si Kant se situe encore dans une perspective philosophique et non strictement scientifique, son influence sur la pensée moderne est déterminante. En traçant une frontière rigide entre ce que la raison peut connaître et ce qu’elle doit abandonner à la foi, il contribue à fragiliser durablement la légitimité intellectuelle des arguments classiques en faveur d’un commencement du monde et d’une cause première. Cette fracture conceptuelle jouera un rôle clé dans l’émergence d’un climat intellectuel où l’hypothèse d’un Dieu créateur est perçue comme extérieure, voire étrangère, à toute explication rationnelle du réel⁹².

Les Lumières françaises : autonomie de la raison et critique de l’Église

Le XVIIIᵉ siècle, souvent appelé « Siècle des Lumières », marque une rupture progressive. Dans une France encore très marquée par la monarchie absolue et le poids de l’Église catholique, un ensemble de philosophes, d’écrivains et de savants entreprennent de redéfinir les fondements de la société, de la morale et du savoir.²⁸ Voltaire, Rousseau, Diderot et bien d’autres ne sont pas tous athées au sens strict, mais ils ont en commun un projet : celui de libérer l’esprit humain de ce qu’ils perçoivent comme des tutelles irrationnelles, en particulier celle de l’Église.²⁸Voltaire incarne la critique acerbe du fanatisme religieux. Dans ses écrits, il fustige l’intolérance, pointe les abus, ridiculise les superstitions.²⁹ Il se présente comme déiste, croyant en un « Grand Horloger », tout en rejetant vigoureusement les dogmes chrétiens.²⁹ Son influence, immense, contribue à dissocier l’idée d’un Dieu lointain, éventuellement toléré, de la structure institutionnelle et doctrinale des Églises.²⁹ L’autorité religieuse est rabaissée, exposée, contestée.²⁹Rousseau occupe une place plus ambivalente. Il propose une religion naturelle, intime, centrée sur la conscience.³⁰ Sa critique vise davantage les institutions que la foi en tant que telle.³⁰ Mais en prônant un contrat social où la souveraineté réside dans la volonté générale et non plus dans un droit divin, il contribue à remettre en question le lien traditionnel entre Dieu, roi et ordre social.³⁰ La morale devient possible, selon lui, sans recours nécessaire à une révélation spécifique.³⁰Denis Diderot, quant à lui, franchit davantage le pas vers une vision matérialiste.³¹ En dirigeant l’Encyclopédie, immense entreprise éditoriale visant à rassembler et organiser le savoir humain, il promeut de fait une vision du monde où la raison critique et l’observation prennent le pas sur la tradition et l’autorité sacrée.³¹ Certains articles de l’Encyclopédie attaquent directement les institutions ecclésiastiques, dénoncent les superstitions, valorisent des explications purement naturelles.³¹ Sans proclamer toujours ouvertement l’athéisme, le projet encyclopédique fait glisser la culture vers une sécularisation du savoir.³¹Dans ce contexte, la figure de Jean Meslier mérite une attention particulière. Prêtre de campagne dans la région de Champagne, Meslier mène en apparence une vie discrète de curé rural, célébrant les sacrements, prêchant, administrant sa paroisse. Mais dans le secret de son bureau, il rédige un long manuscrit dans lequel il confesse n’avoir jamais cru, au fond, aux doctrines qu’il enseigne.³² Son texte, découvert après sa mort, constitue l’un des premiers manifestes athées explicites de l’histoire moderne.³² Meslier n’y critique pas seulement les abus de l’Église ; il y nie l’existence de Dieu et dépeint la religion comme un instrument d’oppression au service des puissants.³²Ce « testament philosophique » de Meslier va circuler, parfois sous des formes remaniées ou censurées, dans les milieux éclairés.³³

Voltaire lui-même en publiera des extraits en les adaptant à son propre déisme, signe que le texte était jugé trop radical pour être accepté tel quel.³³ Néanmoins, l’idée qu’il est possible, et même souhaitable, de penser l’univers sans aucune référence au divin progresse.³² L’athéisme passe du statut de transgression impensable à celui de position intellectuelle articulée, même si elle reste minoritaire.³²Avec les Lumières françaises, une transformation décisive s’opère donc. La raison revendique son autonomie, non plus comme un don de Dieu, mais comme une instance capable d’évaluer, et le cas échéant de rejeter, les prétentions religieuses.²⁸ Ce n’est pas encore le naturalisme méthodologique au sens strict, mais le terrain est préparé : si l’on peut expliquer le monde moral, social et politique sans Dieu, pourquoi ne pas tenter de faire de même pour le monde naturel ?²⁸

Révolution française : vers une société et un savoir sans Dieu

La Révolution française, qui éclate en 1789, est à la fois le fruit et l’accélérateur de ces mutations intellectuelles.³⁴ Au-delà du bouleversement politique (chute de la monarchie, proclamation de la République) elle représente une expérience radicale de refondation du lien social, où l’on cherche à reconstruire la société sur des bases purement humaines.³⁴ La devise « Liberté, Égalité, Fraternité » se veut universelle, mais l’horizon transcendant qui la soutenait auparavant est désormais contesté.³⁴

Avant la Révolution, l’Église catholique occupe en France une position quasi-institutionnelle.³⁴ Elle est un grand propriétaire foncier, un acteur politique, un relais de la monarchie.³⁴ Le clergé forme l’un des trois ordres convoqués aux États généraux.³⁴ L’alliance du « trône et de l’autel » incarne un ordre social où l’autorité du roi se trouve sacralisée, légitimée par l’idée de droit divin.³⁴ Cette imbrication suscite, au fil du temps, un profond ressentiment, surtout dans les milieux acquis aux idées nouvelles.³⁴ Lorsque la Révolution éclate, l’Église apparaît pour beaucoup comme complice d’un système injuste.³⁴

Les mesures révolutionnaires vont donc viser directement le pouvoir ecclésiastique.³⁴ Les biens de l’Église sont nationalisés, les ordres religieux dissous, le clergé soumis à une Constitution civile qui le transforme en fonctionnariat de l’État.³⁴ Les prêtres réfractaires, refusant de prêter serment à ce nouvel ordre, sont pourchassés, emprisonnés, parfois exécutés.³⁴ La rupture symbolique avec l’ancien régime ne se limite pas au politique : elle s’en prend à la dimension religieuse qui le soutenait.³⁴

Un épisode particulièrement révélateur de cette dynamique est la déchristianisation radicale de 1793-1794.³⁵ Dans certains milieux révolutionnaires, il ne suffit plus de réduire le pouvoir de l’Église ; il faut effacer le christianisme comme horizon symbolique de la société.³⁵ Des églises sont fermées ou transformées, des statues brisées, des reliques profanées.³⁵ À Paris, la cathédrale Notre-Dame devient le théâtre d’une mise en scène spectaculaire : on y célèbre le « Culte de la Raison ».³⁵ Une femme incarnant la « déesse Raison » est portée en triomphe, tandis que la liturgie chrétienne est remplacée par des cérémonies civiques exaltant la souveraineté humaine.³⁵

Dans le même mouvement, le calendrier révolutionnaire est instauré, supprimant les références chrétiennes aux saints, au dimanche, aux fêtes liturgiques.³⁶ Le temps lui-même est reformaté (par exemple le passage à la semaine de 10 jours), comme si la société voulait se libérer jusque dans son rythme des traces de Dieu.³⁶ La source ultime des droits, de la morale, de la loi, doit être la Nation, le Peuple, la Raison, et non plus une transcendance.³⁴ Cette volonté se manifeste aussi dans la manière dont on conçoit les droits de l’homme. Alors que certaines réflexions politiques précédentes parlaient volontiers de droits « donnés par le Créateur », la Déclaration française des droits de l’homme et du citoyen les fonde avant tout sur la nature humaine et la raison.³⁷ La référence explicite à Dieu s’efface, au profit d’une origine immanente, conçue comme résultant exclusivement de causes internes au monde lui-même.³⁷

Pour la science, ce climat a des conséquences à long terme.³⁸ Lorsque la société se pense comme auto-fondée, lorsque le droit et la morale se veulent indépendants de toute instance supérieure, il paraît logique que le savoir lui-même soit réorganisé sur des bases purement humaines.³⁸ La science devient un lieu où l’on ne doit plus rien à Dieu, ni en termes de contenu, ni en termes de méthode.³⁸ Il ne s’agit pas encore d’une exclusion formalisée, mais d’une mentalité qui rend naturel, presque évident, de chercher des explications sans recourir au théisme.³⁸ La Révolution a ainsi contribué à créer un cadre symbolique où Dieu devient au mieux optionnel, au pire superflu, dans l’analyse du monde.³⁸

C’est dans ce contexte historique que les travaux de Laplace vont exercer une influence déterminante sur la pensée scientifique, tant dans le monde francophone qu’anglophone.³⁹ Son célèbre « Je n’avais pas besoin de cette hypothèse » traduit un changement : la possibilité d’expliquer l’origine du système solaire uniquement par des lois naturelles.³⁹ Par la « nébuleuse primordiale », il remplace la création intentionnelle par un mécanisme physico-mathématique autonome.³⁹ Si Newton voyait dans le système solaire une œuvre intentionnelle nécessitant un ajustement précis, Laplace introduit l’idée qu’un mécanisme non intentionnel peut produire un ordre où les planètes suivent des orbites régulières.³⁹ Cette vision mécaniste et autosuffisante ouvre la porte à une cosmologie matérialiste qui influencera durablement les scientifiques français et anglais du XIXᵉ siècle.³⁹

Du géologisme à l’exclusion du théisme : la consolidation du naturalisme dans le monde anglophone

Bien avant l’émergence de la géologie moderne, certaines catégories philosophiques avaient déjà profondément structuré la manière de penser la nature et son histoire. Chez Aristote, la nature (physis) est conçue comme un principe interne de mouvement et de changement : les réalités naturelles portent en elles-mêmes leurs causes explicatives et se transforment selon des dynamiques immanentes, sans recours à une intervention extérieure ou transcendante.⁴⁰ Cette conception implique une continuité fondamentale de l’ordre naturel, dans laquelle les changements observables ne sont jamais des ruptures radicales, mais des variations internes d’un cadre global stable.⁴⁰ Sur le plan cosmologique, Aristote défend également l’idée d’un monde éternel, sans commencement absolu dans le temps : le mouvement, le temps et le cosmos existent de toute éternité, sans création ex nihilo ni événement fondateur unique.⁴⁰

Les processus à l’œuvre dans le présent sont ainsi tenus pour identiques à ceux du passé, excluant toute place pour des événements exceptionnels susceptibles de bouleverser l’ordre du monde.⁴⁰ Cette continuité causale, jointe à l’immanence des causes et à l’éternité du cosmos, forme un cadre conceptuel cohérent, mais non théiste, profondément distinct de la vision biblique d’un monde créé, contingent, et historiquement structuré autour d’un commencement.⁴⁰ C’est ce socle philosophique ancien, réintroduit sous une forme renouvelée et désormais présentée comme strictement scientifique, qui trouvera une expression décisive au XIXᵉ siècle dans le géologisme de Charles Lyell.⁴¹

Charles Lyell, géologue écossais, joue un rôle déterminant dans le glissement idéologique du monde anglophone.⁴¹ Son uniformitarianisme affirme que les phénomènes géologiques doivent s’expliquer uniquement par des processus naturels lents et constants (érosion, sédimentation).⁴¹ Ce principe méthodologique écarte tout événement catastrophique ou intervention divine.⁴¹ En redéfinissant les méthodes de la géologie, Lyell élimine implicitement la nécessité d’un commencement récent et crée un cadre mental compatible avec une histoire de la Terre extrêmement longue.⁴¹ Cette perspective préparera Darwin, qui lira Lyell comme la « clé » lui permettant de concevoir un univers évolutif plutôt qu’un univers créé.⁴²

Avec On the Origin of Species (1859), Charles Darwin présente une explication naturaliste complète de l’apparente « conception » du vivant.⁴² La sélection naturelle remplace la providence : les organismes ne sont plus adaptés parce que voulus par une intelligence, mais parce que filtrés par un processus aveugle.⁴² Le monde anglophone bascule alors totalement : ce qui semblait être le domaine le plus évident de l’action divine, à savoir la forme et la complexité des êtres vivants, devient le terrain privilégié d’une explication matérialiste.⁴² Les savants qui continuaient à voir dans la nature un « plan de création », comme Richard Owen ou Louis Agassiz, sont marginalisés.⁴³ Darwin ne se contente pas de proposer une nouvelle théorie biologique ; il redéfinit ce qu’est une explication scientifique, en la dépouillant de toute référence à l’esprit ou à une intention.⁴²

À la fin du XIXᵉ siècle, deux auteurs anglophones, John William Draper et Andrew Dickson White, popularisent l’idée d’un conflit immémorial entre science et foi.⁴⁴ Leur récit historique, pourtant fallacieux, devient dominant dans le monde anglophone.⁴⁴ Ils présentent Newton, Copernic ou Galilée comme des héros ayant arraché la science aux ténèbres religieuses.⁴⁴ Stephen C. Meyer souligne que cette narration a façonné profondément la culture scientifique anglo-américaine, au point de devenir un réflexe culturel : croire en Dieu serait incompatible avec la démarche scientifique.¹³ Cette vision s’érige en dogme, malgré les critiques répétées des historiens contemporains.⁴⁵

Le matérialisme se renforce encore au tournant du XXᵉ siècle lorsque Marx et Freud construisent des systèmes interprétatifs qui nient toute dimension spirituelle de l’homme.⁴⁶ Marx ramène l’histoire humaine à des forces économiques impersonnelles, tandis que Freud réduit la psychologie à des pulsions inconscientes.⁴⁷ Dans le monde anglophone, ces deux théories deviennent les piliers d’une anthropologie matérialiste.⁴⁶ Le naturalisme cesse alors d’être seulement une méthode scientifique : il devient une vision totale de l’homme et du monde.⁴⁶La Révolution française a bâti son cadre social et culturel, Hume l’a légitimé philosophiquement, Laplace l’a anticipé, Lyell l’a préparé, Darwin l’a renforcé, et Draper et White l’ont popularisé idéologiquement.¹³

Dans le monde anglophone, la science devient officiellement « allergique » aux causes intelligentes, même dans des domaines tels que l’origine de l’univers, de la vie ou de l’information biologique, où les processus naturels sont manifestement insuffisants.¹³ Meyer montre que cette exclusion n’est pas un résultat scientifique, mais un choix méthodologique hérité du XIXᵉ siècle.¹³ À partir du XXᵉ siècle, l’idée que la science ne doit invoquer que des causes naturelles devient un principe méthodologique standard.⁵ Ce naturalisme méthodologique ne trouve pas son origine dans une démonstration scientifique, mais dans la justification intellectuelle d’une évolution culturelle graduelle.⁸

En trois siècles, la science francophone et anglophone a parcouru un chemin qui l’a éloignée de son socle biblique originel.⁶ La science qui était née d’une vision chrétienne du monde s’est transformée en entreprise matérialiste, non pas sous l’effet de découvertes réfutant Dieu, mais par l’accumulation de philosophies naturalistes, de normes méthodologiques restrictives et de récits historiques biaisés.⁴⁵ Ce glissement culturel explique le climat actuel dans lequel des figures comme Dawkins ou Krauss affirment que la science rend Dieu inutile, alors même que les pères fondateurs de la science auraient considéré de telles affirmations comme un non-sens.⁴⁸

Auguste Comte et le positivisme : la formalisation du naturalisme méthodologique

Au XIXᵉ siècle, cette influence culturelle diffuse va se cristalliser en système. Auguste Comte, philosophe français, joue un rôle déterminant en formulant ce qu’il appelle la « philosophie positive ».⁴⁹ Son ambition est de fournir une vision d’ensemble du développement de l’humanité, en montrant que celle-ci passe nécessairement par trois grands états : l’état théologique, l’état métaphysique et l’état positif.⁴⁹ Dans le premier, les phénomènes sont expliqués par l’intervention de divinités ; dans le second, par des entités abstraites ; dans le troisième, enfin, par des lois naturelles établies par l’observation et l’expérience.⁴⁹

Pour Comte, l’état positif représente l’aboutissement normal, adulte, de l’esprit humain.⁴⁹ L’humanité doit désormais renoncer aux questions « inutiles » sur les causes ultimes, sur l’être en soi, sur Dieu, pour se concentrer sur ce qui est accessible à la méthode scientifique : les relations constantes entre les phénomènes, susceptibles d’être décrites et utilisées pour agir.⁴⁹ Dans ce cadre, la référence à Dieu n’est pas simplement jugée superflue ; elle est considérée comme méthodologiquement illégitime, dans la mesure où elle introduirait une cause non testable et non contrôlable dans le champ de l’explication scientifique.⁵ Dès lors, la question de l’existence de Dieu est déplacée hors du champ du savoir, et l’enjeu devient l’organisation de la recherche et de l’action scientifique selon le postulat implicite que le divin n’intervient à aucun niveau explicatif.⁵

Cette philosophie débouche sur une vision très particulière de la science. Pour être « positive », une connaissance doit se limiter aux faits observables et aux lois qui les relient.⁴⁹ Tout discours qui dépasse ce registre, qu’il soit théologique ou métaphysique, est relégué au rang de spéculation non scientifique.⁴⁹ Comte ne nie pas seulement la pertinence de certains contenus ; il redéfinit le périmètre même de ce qui peut être tenu pour un savoir valable.⁴⁹ De cette redéfinition découle un principe qui deviendra le cœur du naturalisme méthodologique : une explication scientifique ne peut, par définition, invoquer que des causes naturelles, mesurables, situées dans le monde physique.⁵

Paradoxalement, Comte ne se contente pas de bannir la religion ; il en propose une version laïcisée, la « religion de l’Humanité », où l’humanité elle-même devient l’objet d’un culte symbolique.⁴⁹ Les rituels, les fêtes, les figures vénérées sont réorganisés autour d’un panthéon d’ « hommes illustres ».⁴⁹ On voit ici à quel point la question de Dieu n’est pas seulement théorique : elle touche à la structure la plus intime du lien social.⁴⁹ En éliminant le théisme des explications légitimes, on cherche à bâtir un nouvel ordre moral et politique qui ne doive plus rien au ciel.⁴⁹

L’influence de Comte ira bien au-delà de la philosophie au sens strict.⁴⁹ Sa vision positiviste inspire l’organisation des disciplines scientifiques, la manière de concevoir les universités, la séparation des facultés de théologie et des facultés de sciences.⁵⁰ L’idée que la science doit, par principe, se tenir à distance de toute considération religieuse se propage dans le monde académique.⁵⁰ Ce qui n’était, à l’époque des premiers savants modernes, qu’un choix individuel (faire de la science comme croyant), devient désormais un impératif institutionnel : faire de la science comme si Dieu n’existait pas.⁵

On voit alors se mettre en place, de façon de plus en plus explicite, ce qu’on appellera plus tard le naturalisme méthodologique.⁵ Celui-ci ne prétend pas forcément décider si Dieu existe ou non ; il affirme plutôt que, pour les besoins de la recherche, il faut s’interdire de considérer Dieu comme une cause explicative.⁵ Les phénomènes physiques doivent, par méthode, recevoir des explications purement physiques.⁵ Le choix philosophique est ici intégré dans la définition même de la « bonne méthode ».⁵

XIXᵉ-XXᵉ siècles : consolidation internationale du naturalisme

Au moment où Comte élabore son système, d’autres transformations scientifiques importantes sont en cours. La biologie, notamment, va connaître avec Charles Darwin un tournant majeur.⁴² En proposant un mécanisme d’évolution fondé sur la variation et la sélection naturelle, Darwin offre la possibilité de penser l’apparition de la diversité du vivant sans recourir à des actes créateurs distincts.⁴² Si Darwin lui-même ne se définit pas toujours clairement comme athée, l’usage qui est fait de sa théorie dans certains milieux va accentuer le glissement vers un matérialisme explicatif.⁴² L’évolution devient, pour beaucoup, la preuve qu’un projet divin n’est pas nécessaire pour rendre compte des formes de vie.⁴²

En France, cette dimension est particulièrement amplifiée. La réception de l’évolution s’effectue dans un contexte déjà marqué par le positivisme et par la laïcité. ⁵¹ L’idée qu’une explication complète du vivant doit se passer de toute référence à un Créateur s’intègre d’autant plus facilement qu’un cadre intellectuel l’attend.⁵¹ La théorie darwinienne, interprétée dans un registre matérialiste, devient un argument supplémentaire en faveur d’un univers fermé, où les causes finales n’ont plus leur place.⁵¹

Parallèlement, la France joue un rôle de premier plan dans la structuration de l’enseignement moderne.⁵² Les réformes scolaires, à partir de la fin du XIXᵉ siècle, installent un système éducatif public explicitement laïque.⁵² Les lois de Jules Ferry, par exemple, instaurent une école gratuite, obligatoire et sans enseignement religieux confessionnel.⁵² La séparation des Églises et de l’État, proclamée au début du XXᵉ siècle, complète ce dispositif.⁵³ Dans ce cadre, les sciences naturelles et physiques sont enseignées selon un paradigme où la référence à Dieu est absente, non pas parce que les données l’exigent, mais parce que le projet politique et philosophique le souhaite.⁵²La France exporte aussi, par son prestige intellectuel, ses manières de penser.⁵⁴ Sa philosophie, sa littérature, ses sciences humaines influencent profondément le reste de l’Occident.⁵⁴ Au XXᵉ siècle, des courants comme l’existentialisme de Sartre, puis la pensée de Foucault, Derrida ou Bourdieu, renforcent la remise en question des grandes narrations religieuses.⁵⁵ Dans ce climat, la figure du scientifique croyant apparaît de plus en plus comme une curiosité, voire comme une contradiction.⁵⁴

Des penseurs contemporains incarnent la prolongation explicite de cette tradition. Michel Onfray défend un athéisme militant, assumé comme tel, où la religion est présentée comme nuisible à l’émancipation humaine.⁵⁶ André Comte-Sponville soutient l’idée d’une spiritualité sans Dieu, d’une morale sans transcendance, où la science et la philosophie suffisent à fonder une éthique.⁵⁷ Même lorsque la référence à la transcendance n’est pas complètement niée, elle est reléguée hors du champ sérieux de la connaissance.⁵⁷

Ainsi, au fil des XIXᵉ et XXᵉ siècles, le naturalisme méthodologique s’est consolidé non seulement comme pratique scientifique, mais comme norme culturelle.⁵⁸ Ce qui était au départ un choix de méthode discuté est devenu un présupposé rarement interrogé : on ne fait pas de science avec Dieu, point.⁵ La France, par le poids de ses institutions, de sa langue, de son université, a largement contribué à diffuser ce modèle, qui a été adopté, adapté et renforcé dans d’autres pays, notamment dans le monde occidental.⁵⁴

Aujourd’hui : un naturalisme présenté comme neutralité scientifique

Dans le paysage académique actuel, le naturalisme méthodologique est souvent présenté comme la seule position réellement « neutre ».⁵⁸ Il serait, dit-on, le strict minimum pour éviter de mélanger science et religion.⁵⁸ Or, on l’a vu, cette méthodologie ne tombe pas du ciel ; elle est le fruit d’une histoire précise, marquée par la défiance envers l’Église, les traumatismes révolutionnaires, les projets positivistes et laïcistes.⁵⁸ Présentée comme une évidence, elle masque sa propre généalogie.⁵⁸

Sur le plan conceptuel, une confusion importante s’est installée entre naturalisme méthodologique et naturalisme ontologique.⁵⁸ Le premier affirme seulement que, pour pratiquer la science, on ne prend en compte que les causes naturelles ; le second soutient que seules existent en réalité des causes naturelles, et qu’il n’y a aucune place pour un Dieu, un esprit, ou une quelconque réalité spirituelle.⁵⁸ Dans le discours public, et parfois même dans les discours scolaires, cette distinction s’efface.⁵⁸ La méthode, qui pourrait être vue comme un outil parmi d’autres, devient une vision du monde à part entière.⁵⁸

Les conséquences de ce glissement sont multiples. Dans l’éducation, les élèves apprennent dès le plus jeune âge à penser les phénomènes exclusivement en termes de causes physiques.⁵² Ce n’est pas en soi problématique si l’on s’en tient à ce que la science sait décrire ; cela le devient lorsque cette approche est présentée comme la totalité de ce qu’il est possible de savoir.⁵⁸ La question de Dieu, de l’esprit, de la finalité, est déplacée dans un domaine supposé purement subjectif, sans pertinence pour la connaissance du réel.⁵⁸ Cela façonne des générations pour qui le théisme apparaît spontanément comme intellectuellement suspect.⁵⁸

Dans les débats publics, l’appel à une perspective créatrice ou à une intelligence ordonnatrice est souvent caricaturé comme un renoncement à la rigueur, voire comme une menace pour la science.⁵⁹ Or, il est possible de soutenir, à la suite de nombreux philosophes et scientifiques croyants, que l’hypothèse d’un Créateur rationnel est non seulement compatible avec la science, mais qu’elle fournit une explication plus profonde de la rationalité du monde.⁶⁰ Le naturalisme méthodologique, en se prétendant neutre, occulte le fait qu’il exclut a priori cette possibilité, et donc qu’il ne laisse pas la question réellement ouverte.⁶⁰

On constate aussi que ce paradigme atteint ses limites lorsqu’il se heurte aux grandes questions d’origine : origine de l’univers, origine des lois de la nature, origine de l’information et de la complexité biologique.⁶¹ Dans ces domaines, la simple extrapolation des causes naturelles connues rencontre des difficultés majeures.⁶¹ Certains scientifiques et philosophes, notamment dans le courant de l’Intelligent Design, suggèrent qu’il est légitime de se demander si une intelligence transcendant la nature n’offre pas une meilleure explication de certains traits du réel.¹³ La réaction institutionnelle consiste souvent à rejeter ces approches non pas sur la base d’arguments empiriques, mais parce qu’elles ne respectent pas la règle non écrite : on ne doit jamais mentionner de cause intelligente non matérielle.⁵

Le naturalisme méthodologique, lorsqu’il est absolutisé, tend donc à fonctionner comme un filtre qui choisit à l’avance quel type de réponse sera acceptable. ⁵ Il n’est plus une méthode prudente, mais une barrière hermétique. ⁵ On pourrait le comparer à un protocole d’enquête qui déciderait par avance que, quelles que soient les données, certaines conclusions ne pourront jamais être envisagées.⁵ Dans une telle configuration, la science perd en ouverture ce qu’elle croit gagner en cohérence. ⁵

Conclusion : une méthode née dans l’histoire, non imposée par l’observation de la nature

L’histoire que nous avons retracée montre que le naturalisme méthodologique n’est pas le résultat inévitable de la science, mais le fruit d’un long processus historique.⁸ La science moderne est née dans un cadre profondément théiste, où des savants comme Kepler, Newton, Pascal, Boyle, Galilée, Descartes, Leibniz et bien d’autres voyaient dans l’ordre du monde le reflet de l’intelligence de Dieu.⁶ Puis vinrent les Lumières, la critique de l’Église, les premiers manifestes athées, la Révolution française et sa volonté de reconstruire la société sans Dieu.²⁸

Dans ce climat intellectuel, les travaux de Laplace contribuèrent à instaurer l’idée qu’un ordre cosmique pouvait être expliqué sans référence explicite à une cause divine, tandis que, au XIXᵉ siècle, Lyell imposa en géologie un cadre interprétatif excluant toute intervention catastrophique ou surnaturelle, préparant ainsi le terrain à une histoire du monde strictement naturaliste.³⁹ Darwin, à son tour, étendit cette logique au vivant en proposant un mécanisme capable de rendre compte de l’apparente finalité biologique sans recourir à une intelligence créatrice.⁴² Le positivisme de Comte formalisa ensuite cette tendance en proposant une définition de la science excluant par principe toute référence au surnaturel.⁴⁹ Enfin, les XIXᵉ et XXᵉ siècles consolidèrent ce modèle, en particulier à travers les systèmes éducatifs et le prestige intellectuel de la France, jusqu’à ce que le naturalisme méthodologique soit perçu aujourd’hui comme la seule posture scientifique respectable.⁵⁸

Reconnaître cette généalogie ne signifie pas qu’il faille rejeter en bloc la science moderne ni la méthode expérimentale.⁶² Cela invite plutôt à distinguer clairement ce qui relève de la donnée empirique et ce qui relève du choix philosophique.⁶² La décision de ne considérer que des causes naturelles dans la recherche scientifique peut avoir une valeur heuristique ; elle devient problématique lorsqu’on en fait une règle absolue, prétendant ainsi clore la question de Dieu avant même de l’examiner.⁶²

Pour la communauté chrétienne et pour tous ceux qui, croyants ou non, s’interrogent sur le sens de la rationalité du monde, l’enjeu consiste à rouvrir l’espace de la réflexion.⁶² Il ne s’agit pas d’imposer Dieu au bout d’une équation, mais de permettre que la question de l’origine ultime, de l’être, des lois, de l’ordre, de l’information, soit à nouveau posée sans être disqualifiée par une définition restrictive de la science.⁶² L’histoire montre que la dissociation complète entre science et théisme ne découle ni de la pratique scientifique elle-même ni de ses résultats, mais d’une construction historique marquée par des débats philosophiques, des tensions institutionnelles et des orientations culturelles spécifiques.⁴⁵ L’analyse de cette construction permet de reconsidérer les présupposés méthodologiques dominants et de repenser les conditions d’une articulation intellectuellement cohérente entre l’enquête scientifique et l’hypothèse théiste.⁶⁰

Par Daniel Capitanu

Groupe Harmonie Science et Foi

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