Doute sur une origine commune homme / chimpanzé : Relecture critique du « dogme des 98,5 % » à la lumière du chromosome Y

Depuis un demi-siècle, le chiffre de 98,5 % de similarité génétique entre l’homme et le chimpanzé est devenu un emblème de la biologie évolutionniste. Popularisé dans les manuels scolaires et les documentaires, il est souvent cité comme une preuve irréfutable d’une ascendance commune entre les deux espèces. ¹

Pourtant, derrière cette statistique séduisante se cache une simplification extrême. En 2025, une équipe internationale dirigée par Yoo et al., dans un article majeur publié au sein de la prestigieuse revue scientifique Nature, a réexaminé ces comparaisons à la lumière d’une technologie de séquençage révolutionnaire : le T2T (telomere-to-telomere). ² Ce procédé permet enfin de lire intégralement les chromosomes, sans lacunes ni zones d’ombre.

Leurs conclusions, notamment sur le chromosome Y, sont saisissantes : ce dernier ne présente qu’environ 10 % de similarité entre l’homme et le chimpanzé. ³ Ce constat a de quoi troubler : le chimpanzé est pourtant présenté comme notre plus proche parent. Un tel écart, dans une zone aussi cruciale du génome, invite à réinterroger certaines affirmations centrales de la biologie évolutionniste ⁴ et à rouvrir le débat sur la nature même de notre parenté biologique.

Or, sur l’ensemble du génome, l’homme partage environ 15 à 20 % de correspondances globales avec des organismes non vertébrés comme les tuniciers, et près de 30 à 60 % avec des levures ou même des bananes. ⁵

Autrement dit, le chromosome masculin humain, censé être le témoin le plus direct d’une filiation récente, semble plus étranger au chimpanzé que certains fragments universels de notre patrimoine génétique ne le sont à des formes de vie beaucoup plus simples.

Cette inversion statistique, aussi dérangeante qu’éloquente, suggère que la parenté biologique ne peut se réduire à un pourcentage brut : elle touche à la structure, à la logique interne du génome, et peut-être à quelque chose de plus fondamental encore.

Le « dogme » des 98,5 % : contexte historique et limites

L’histoire du célèbre chiffre remonte à 1975, lorsque Mary-Claire King et Allan Wilson publient dans Science un article devenu mythique : « Evolution at two levels in humans and chimpanzees. » ⁶ En comparant les protéines et les séquences d’ADN accessibles à l’époque, ils conclurent que la différence entre l’homme et le chimpanzé est minime : environ 1,5 %.

Cette conclusion, exprimé de manière prudente et méthodologiquement restreinte, a ensuite été reprise comme symbole d’une proximité quasi fraternelle entre les deux espèces. Mais plusieurs décennies plus tard, avec le séquençage complet des génomes dans les années 2000, il est devenu évident que cette estimation reposait sur une base partielle et biaisée.

D’abord, le 98,5 % concernait uniquement les régions alignables et codantes, c’est-à-dire les gènes produisant des protéines. Or, ces régions ne représentent qu’une petite fraction du génome humain (selon les estimations actuelles : environ 1,5 %). ⁷

Ensuite, les comparaisons initiales excluaient : 1) les régions non codantes, pourtant essentielles à la régulation des gènes ; 2) les séquences répétées et hautement variables et surtout ; 3) les variations structurales : insertions, délétions, inversions, duplications.

Dès le Human Genome Project (le gigantesque effort international au début des années 2000) certains chercheurs alertaient déjà : en dehors des zones codantes, les différences explosent, atteignant parfois 10, 20 ou 30 %. ⁸ Mais la presse publique n’a retenu qu’un chiffre simple, flatteur et idéologiquement rassurant.

Ainsi, le “98,5 %” est devenu moins une donnée qu’un slogan scientifique, un symbole de continuité évolutive plutôt qu’un reflet fidèle de la complexité génomique.

Le séquençage T2T et les nouvelles découvertes

En 2025, l’étude de Yoo et al., publiée dans Nature, a bouleversé la donne. Pour la première fois, grâce au séquençage T2T (telomere-to-telomere), l’ensemble du génome de plusieurs espèces de grands singes a pu être lu sans lacune. Cette avancée technologique, combinant nanopores (minuscules trous dans une membrane qui laissent passer un brin d’ADN tout en lisant la séquence des bases au passage) et correction par lecture longue (méthode qui améliore la précision en relisant plusieurs fois les mêmes segments pour corriger les erreurs), ouvre enfin l’accès aux portions du génome que les anciennes techniques ne pouvaient pas déchiffrer, notamment les extrémités, le cœur des chromosomes et les séquences qui se répètent « à l’infini ».

Ces régions, jadis négligées, sont pourtant cruciales car elles abritent des régulateurs de gènes, des séquences satellites, et surtout des mécanismes structuraux uniques à chaque espèce.

Les résultats de Yoo et al. montrent que, si l’on inclut l’ensemble du génome, la similarité entre l’homme et le chimpanzé chute à 84–85 %. Mais le plus surprenant concerne le chromosome Y, celui transmis exclusivement de père en fils : moins de 10 % de séquences alignables. Une telle divergence, dans un chromosome considéré comme traceur de l’histoire évolutive des mâles, n’a aucun équivalent entre espèces aussi proches sur l’arbre phylogénétique. ⁹ Cela montre que le modèle d’une divergence continue et linéaire ne suffit plus, à lui seul, à expliquer les données.

Le chromosome Y : une anomalie ou une faille dans le modèle ?

Le chromosome Y occupe une place à part dans le génome. Il est présent uniquement chez les mâles, ne se recombine presque jamais (sauf dans de petites zones dites pseudo-autosomales), et se transmet inchangé de père en fils depuis des générations.

Cette singularité en fait un traceur privilégié de l’évolution : son contenu génétique, stable mais lentement altéré, permet d’établir des lignées et des filiations. Mais c’est aussi une zone vulnérable, où toute divergence prend un relief particulier.

L’étude de Yoo et al. révèle que le chromosome Y du chimpanzé et celui de l’homme présentent une discontinuité profonde, remettant en cause l’idée d’une évolution continue. ¹⁰

Moins de 10 % de leurs séquences sont homologues. Le reste montre : de vastes inversions de segments ; des réorganisations structurelles ; une accumulation de mutations propres à chaque espèce ; et des pertes massives de gènes chez l’un comme chez l’autre. Autrement dit, ces chromosomes sont presque étrangers.

Certains biologistes y voient le signe d’une évolution accélérée du Y, sensible à la dérive génétique et à la sélection sexuelle. Mais d’autres y discernent une incohérence statistique majeure : si le reste du génome suggère une divergence progressive, pourquoi le Y manifeste-t-il une rupture si brutale ?

Cette dissymétrie remet en question la cohérence du scénario d’une origine commune. Si le chromosome Y, censé retracer fidèlement les lignées mâles, ne conserve plus aucune continuité reconnaissable, faut-il encore parler d’« ancêtre commun » ? ¹¹

À tout le moins, ces données impliquent que le modèle darwinien (gradualiste, uniforme, sans discontinuité majeure) n’est plus en mesure à rendre compte de la complexité réelle de la divergence génétique. Le chromosome Y devient ainsi un cas d’école : une pièce du puzzle qui refuse obstinément de s’emboîter dans le récit dominant.

Ouverture vers des lectures alternatives : science, philosophie et conception dirigée

Les découvertes récentes n’imposent pas une vision unique ; mais elles ouvrent déjà un grand espace de réflexion. Loin d’opposer science et foi, elles invitent à repenser la question des origines à plusieurs niveaux : biologique, philosophique et théologique :

1. Lecture naturaliste classique

Dans la biologie évolutionniste standard, la divergence du chromosome Y peut être expliquée par une sélection spécifique rapide, liée aux pressions reproductives et à la dérive génétique masculine. Le Y, isolé de la recombinaison, serait plus vulnérable aux pertes de gènes et aux réarrangements. C’est un “chromosome en déclin”, selon une image souvent employée.

Mais cette explication, aussi scientifiquement élégante soit-elle, ne répond pas vraiment à la question de fond : comment un tel niveau de divergence peut-il coexister avec des similarités profondes ailleurs dans le génome ? Et surtout, comment concilier un taux de mutation aussi extrême avec une continuité phylogénétique censée dater de moins de 6 millions d’années ? Ces incohérences statistiques méritent d’être examinées sans préjugés. ¹²

2. Lecture en termes de conception dirigée

Du point de vue de l’Intelligent Design, ces divergences radicales pourraient traduire une architecture génomique intentionnelle. Le fait que le chromosome Y soit si particulier, non recombiné et structurellement autonome, pourrait indiquer une fonction conçue pour préserver certaines caractéristiques propres à l’espèce humaine.

Dans cette perspective, la science ne devient pas une ennemie de la foi, mais un outil d’exploration des mécanismes d’une conception intelligente. Le chromosome Y, loin d’être un reliquat dégénéré, pourrait être une signature de conception, un marqueur de singularité biologique. ¹⁴

3. Lecture théologique et symbolique

Pour la théologie chrétienne, le chromosome Y a une portée symbolique singulière. Transmis de père en fils, il incarne la continuité d’une lignée humaine particulière. Si celui de l’homme diffère radicalement de celui du chimpanzé, cela pourrait être légitimement perçu comme le reflet d’une distinction ontologique : l’homme n’est pas simplement un “primate amélioré”, mais une créature à part, porteuse d’une identité propre. ¹³

Certains y voient même une métaphore : la lignée adamique, non issue d’un continuum animal, mais d’un acte créateur distinct. Sans imposer cette interprétation, il est légitime de noter que les données du chromosome Y laissent place à ce type de lecture sans la contredire formellement.

Ces interprétations, bien que diverses, ont un point commun : elles refusent la réduction de la science à un récit dogmatique. Le chromosome Y agit ici comme un révélateur : il brise le consensus simplificateur et rouvre la possibilité d’un dialogue entre science, philosophie et théologie sur les origines humaines. 

Conclusion

Pendant des décennies, le chiffre de 98,5 % a servi de bannière à la thèse de l’origine commune entre l’homme et le chimpanzé. Or, les données du séquençage T2T révèlent une réalité bien plus nuancée, et plus dérangeante.

La similarité réelle du génome se situe autour de 85 %, et celle du chromosome Y, pilier de l’hérédité masculine, chute à 10 %. Ces chiffres ne réduisent pas encore au cendres le modèle évolutif, mais ils obligent à admettre que ses zones de dissonance s’élargissent de plus en plus.

Refuser cette réalité, c’est trahir l’esprit même de la démarche scientifique : une quête ouverte, révisable, fondée sur la confrontation des données et non sur la préservation d’un dogme.

Qu’on défende la synthèse néodarwinienne, l’Intelligent Design ou d’autres approches, le chromosome Y rappelle que la science des origines n’est pas close. ¹⁵ C’est un champ encore en construction, où chaque découverte majeure réécrit une partie de l’histoire.

Et si, après tout, la grandeur de l’homme ne résidait pas dans son pourcentage de gènes partagés, mais dans ce reste mystérieux qui lui confère sa singularité ?

Par Jean-Robert Gardère et Daniel Capitanu

Groupe Harmonie Science et Foi

Bibliographie

¹ King, M.-C., & Wilson, A. C. (1975). Evolution at two levels in humans and chimpanzees. Science, 188(4184), 107–116.

Étude fondatrice ayant conduit au célèbre chiffre de 98,5 % de similarité entre l’homme et le chimpanzé.

² Miga, K. H., & al. (2020). Telomere-to-telomere assembly of a complete human X chromosome. Nature, 585, 79–84.

Première démonstration complète du séquençage T2T, ouvrant la voie aux réanalyses génomiques récentes.

³ Yoo, D. A., et al. (2025). Genetic diversity and regulatory features of human-specific NOTCH2NL duplications. Nature. PMC11956922.

Étude de référence de 2025 signalant la divergence extrême du chromosome Y entre l’homme et le chimpanzé.

⁴ Hughes, J. F., & Page, D. C. (2011). The biology and evolution of mammalian Y chromosomes. Annual Review of Genetics, 45, 533–556.

Étude approfondie sur la structure, la variabilité et les anomalies du chromosome Y chez les mammifères.

⁵ Dehal, P., et al. (2002). The draft genome of Ciona intestinalis: Insights into chordate and vertebrate origins. Science, 298(5601), 2157–2167.

Référence clé pour la comparaison homme–tuniciers et la proportion de gènes homologues (~25 %).

⁶ King & Wilson (1975), op. cit.

Réutilisation de la même source pour souligner l’origine du chiffre de 98,5 %.

⁷ International Human Genome Sequencing Consortium. (2004). Finishing the euchromatic sequence of the human genome. Nature, 431, 931–945.

Source des estimations sur la fraction codante (~1,5 % du génome humain).

⁸ Britten, R. J. (2002). Divergence between samples of chimpanzee and human DNA sequences is 5% counting indels. PNAS, 99(21), 13633–13635.

Étude mettant en évidence la divergence réelle (5 % ou plus) quand on inclut insertions et délétions.

⁹ Skaletsky, H., et al. (2003). The male-specific region of the human Y chromosome is a mosaic of discrete sequence classes. Nature, 423, 825–837.

Étude de référence montrant l’extrême singularité structurale du chromosome Y humain.

¹⁰ Hughes, J. F., et al. (2010). Chimpanzee and human Y chromosomes are remarkably divergent in structure and gene content. Nature, 463, 536–539.

Source majeure pour le chiffre d’environ 10 % de similarité globale sur le chromosome Y.

¹¹ Wilson Sayres, M. A., & Makova, K. D. (2013). Gene survival and death on the human Y chromosome. Molecular Biology and Evolution, 30(4), 781–787.

Discussion critique sur la stabilité évolutive du chromosome Y et ses limites comme traceur phylogénétique.

¹² Ayala, F. J. (2009). Darwin’s gift to science and religion. Joseph Henry Press.

Exemple de position néodarwinienne classique contrastant avec une lecture critique de la divergence génétique.

¹³ Collins, F. S. (2006). The Language of God: A Scientist Presents Evidence for Belief. Free Press.

Exploration du rapport entre génétique et foi, incluant une réflexion sur la singularité humaine.

¹⁴ Meyer, S. C. (2013). Darwin’s Doubt: The Explosive Origin of Animal Life and the Case for Intelligent Design. HarperOne.

Argumentaire en faveur d’une conception dirigée dans les structures biologiques complexes.

¹⁵ Behe, M. J. (2019). Darwin Devolves: The New Science About DNA That Challenges Evolution. HarperOne.

Étude critique des limites observées du néodarwinisme à la lumière de la génomique moderne.